A história deste Estabelecimento teve seu início em 1956, com a fundação da Escola Isolada de Pinhalzinho, através da Portaria nº 4.556/56 de 13/11/56. Em 1963, pelo Decreto N.º 12.242/63, de 02/05/63, o Estabelecimento passou a denominar-se Grupo Escolar João XXIII, de Janiópolis, sendo que em 1967 passou a funcionar em novo prédio de alvenaria, no atual endereço: Rua Benjamim Constant, 394, Centro, nesta cidade de Janiópolis, Estado do Paraná.

Em 1979, o parecer nº 181/79; aprovou em caráter provisório a implantação do Curso de 2º Grau (Habilitação Básica em Administração) com o funcionamento da 1ª Série da referida Habilitação a partir daquele ano, sendo denominado, o 2º Grau, Colégio de Janiópolis. Em 1981, foi autorizado a funcionar, o Colégio Estadual João XXIII, -Ensino de 1º e 2º Graus, através da Resolução nº. 3.292/81 de 30/12/81, como resultante da Implantação do ensino de 2º Grau, no Grupo Escolar João XXIII, sendo reconhecido através da resolução nº.4.633/85 de 1º de Outubro de 1985.

Em 1987, foi implantada a habilitação Magistério, através da resolução n.º 603/87 sendo que a referida habilitação teve seu reconhecimento na resolução N.º 06/91 de 31 de Janeiro de 1991.

Com a municipalização do Ensino Fundamental, em 1992, pela resolução n.º 3.234/92 de 1º de Outubro de 1992, aconteceu a reorganização de nomenclatura passando, o Estabelecimento a denominar-se Colégio Estadual João XXIII - E.M.

Em 1994, a resolução n.º 2.759/94 de 30/05/94, autoriza o funcionamento da habilitação Auxiliar em Contabilidade. No mesmo ano, a resolução 6.200/94, de 16/12/94 cessa as atividades da habilitação Básica em administração. Em 1995, fica autorizada a funcionar, pela resolução n.º 1.731/95, de 03/05/95, a habilitação Técnico em Administração.

A nova LDB, força uma nova reorganização do Estabelecimento, diante de uma realidade nova da educação.

Em 18 de Fevereiro de 1998, o Parecer n.º 322/98 CEF, cessa as atividades escolares das Habilitações Técnico em Administração,

Auxiliar Técnico em Contabilidade e Magistério, reconhecidas pelas Resoluções 3096/97, 3087/97 e 06/81, respectivamente.

Em 1998, ainda, o parecer N.º 2233/98 - CEE, de 24 de Setembro de 1998, aprova o plano de implantação do Ensino Médio, reconhecido pela Resolução 4.146/99 de 10 de Novembro de 1999.

Quanto a sua clientela, 50% dos alunos matriculados neste Estabelecimento vêm da Zona Rural, chegando alguns a deslocar-se até dezoito quilômetros, dos distritos do Município para ter atendida sua necessidade de aprendizado.

Diante disto, o Estabelecimento, enquanto Instituição se mobiliza e decide na elaboração de um Plano, empreender um caminho de busca de melhoria significativa da qualidade de Ensino, primando pela pesquisa e pela construção do saber.

Teve como primeira Diretora a Professora Maria do Carmo Rosa Lima Maffei. Atualmente o Diretor do Colégio é o Professora Edinéria Arneiro Boscarato Pedroso.